发酵粪便可以使用多种菌种，具体使用哪些菌种取决于发酵的目的和条件。以下是一些常见的菌种：

　　乳酸菌：乳酸菌是一类产生乳酸的细菌，常见的有乳酸杆菌、乳酸球菌等。它们可以在发酵过程中降低pH值，抑制有害细菌的生长，并促进有机物质的分解和转化。

　　放线菌：放线菌是一类分解有机物质的细菌。它们具有强大的分解能力，可以降解尿素、纤维素等复杂有机物，促进发酵过程的进行。

　　酵母菌：酵母菌是一类单细胞真菌，可以进行呼吸发酵或酒精发酵。它们在发酵过程中可以产生二氧化碳和酒精等产物，促进有机物质的分解和转化。

　　厌氧菌：厌氧菌指在缺氧或极低氧气浓度环境下生长的微生物。它们在发酵过程中可以进行厌氧分解和转化，产生有机酸等产物。常见的厌氧菌包括产气杆菌、硫醇菌等。

　　此外，还可以根据具体需要添加一些其他的菌种，如有机肥发酵菌、固氮菌等，以进一步促进发酵过程和产物的优化。需要注意的是，在选择和使用菌种时，要根据具体情况进行科学配比和合理操作，以确保发酵过程的稳定和效率。